La Segeplan ha asumido el compromiso de realizar un proceso de reingeniería institucional, que tiene como finalidad hacer más eficientes los procesos internos para incidir positivamente en los resultados esperados.

Todo este esfuerzo da comienzo con la realización de Plan Estratégico de la institución el cual provee un marco general de acción y una línea clara de dirección para la institución y los esfuerzos que la misma realiza.  

Para establecer una base sólida a este esfuerzo, se ha impulsado un proceso de modificación al reglamento orgánico interno de la Segeplan para que el mismo responda a las necesidades de gestión en los ejes sustantivos identificados y se ha realizado una reorganización de las Direcciones.

Entre las modificaciones principales que se realizan destacan:

• Creación de nuevas direcciones y reacomodo de las direcciones anteriores con respecto a las áreas de gestión y Subsecretarías.

• Creación de una nueva Subsecretaría para atender, con enfoque estratégico, el tema de la inversión pública.

• Reubicación, bajo el Despacho, de la Dirección de Enlace con Delegaciones y de las delegaciones departamentales.

• Creación de la Dirección de Desarrollo Institucional, la Dirección de Comunicación Social y Dirección de Recursos Humanos; áreas anteriormente relegadas a gestiones puramente operativas.

El proceso de reorganización interna, va de la mano de un nuevo organigrama y un nuevo «Manual de funciones y procesos», que le dará coherencia operativa a los procesos sustantivos y también  de la formación de comités temáticos de seguimiento que pretenden crear mecanismos de control que permitan una mejora continua de los procesos administrativos y técnicos de la institución.